Fino al giugno 2005, il Museo ha ospitato una mostra storico-documentaria, che ripercorreva cronologicamente le fasi della Resistenza in Versilia e le stragi compiute dai nazifascisti nel settore Tirrenico della Linea Gotica.

Dal febbraio 2007 è presente il nuovo allestimento suddiviso in sezioni tematiche. Attraverso documenti originali, pannelli didascalici, manifesti, avvisi e quotidiani dell’epoca, materiale fotografico, audiovisivo e multimediale, oggetti e testimonianze autentiche, il Museo è offre ai visitatori una panoramica esauriente e rigorosamente storica, delle vicende svoltesi nel periodo 1940-1945 in Toscana, con uno sguardo particolare rivolto alla Versilia:
- L’occupazione nazista e la fase successiva all’armistizio;
- La Resistenza in Versilia: gli aspetti, gli episodi ed i personaggi più significativi della lotta di liberazione;
- Le stragi e la Linea Gotica: ampio spazio è dedicato alle stragi compiute dai nazifascisti nel settore tirrenico della Linea Gotica e, più in generale, in Toscana nel periodo 1943-1945;
-"I bambini ricordano": le foto di Oliviero Toscani ritraggono alcuni superstiti, bambini il 12 agosto 1944, affiancati dalle loro testimonianze
-Saletta Rossa
L’eccidio di Sant’Anna di Stazzema: la storia, le vittime, le testimonianze dei superstiti; le fasi cruciali della ricerca storica della verità, fino agli atti del processo a carico degli imputati della strage conclusosi il 22 giugno 2005 presso il Tribunale Militare di La Spezia, proseguito con la sentenza di Appello nell’ottobre 2006 e con la definitiva ratifica della Suprema Corte di Cassazione nel novembre 2007 che ha confermato la condanna all’ergastolo di dieci Ss colpevoli del massacro.